Parafia została erygowana dnia 15 października 1990 przez biskupa Zygmunta Kamińskiego. Do jej tworzenia ks. Biskup wybrał ks. Jana Dzieniszewskiego.
Pierwszym zadaniem parafii jest wybudowanie kościoła, co zostało rozpoczęte natychmiast. 6 maja 1993 roku poświęcono plac pod budowę kościoła. Budowa kościoła trwała 11 lat. 25 września 2004 r. biskup płocki Stanisław Wielgus dokonał konsekracji kościoła w Parafii św. Franciszka z Asyżu. Na to podniosłe wydarzenie licznie przybyli parafianie, goście, władze miasta i powiatu. Wydarzenie uświetnił występ chóru Sine Nomine i orkiestry dętej. Podczas homilii biskup podziękował parafianom, którzy nie szczędzili wysiłku i pieniędzy na budowę swojej świątyni. Jego ekscelencja dekretem biskupim, na prośbę proboszcza ks. kanonika Jana Dzieniszewskiego, nadał kościołowi tytuł Podwyższenia Krzyża Świętego.